Metody mikrobiologiczne stosuje się częściej do oceny przyswajalności poszczególnych aminokwasów ? zwłaszcza metioniny, tryptofanu i lizyny ? niż do oceny wartości odżywczej białka jako całości. Opracowano jednak kilka wskaźników, które pozwalają oszacować jakość białka na podstawie tempa wzrostu i namnażania się drobnoustrojów na pożywce zawierającej badane białko i wykazują dość wysoką korelację z wskaźnikami PER i NPU. Najlepsze wyniki uzyskano posługując się pierwotniakiem Tetrahymena pyriformis W, zdolnym do rozkładu białka za pomocą własnych enzymów proteolitycznych, oraz szczepem bakterii kwasu mlekowego Streptococcus zymogenes. Metody mikrobiologiczne są wprawdzie szybkie, jednak wymagają wyspecjalizowanego i dobrze wyposażonego laboratorium, a przy tym mogą być stosowane do oceny tylko niektórych produktów białkowych. Dobór metody oceny wartości odżywczej białka zależy od celu, jakiemu ma ona służyć. W badaniach rutynowych, prowadzonych m.in. nad nowymi odmianami roślin pastewmych, wpływem różnych zabiegów technologicznych na jakość białka pasz, nad oceną mieszanek ? dobiera się metody proste i nie wymagające skomplikowanego wyposażenia. W badaniach naukowych stosowane są zazwyczaj metody bilansowe, pozwalające na określenie zarówno strawności, jak i wartości biologicznej białka. Wyniki uzyskane za pomocą metod chemicznych i biologicznych stanowią jednak tylko ogólną wskazówkę dotyczącą wartości badanego białka; jego przydatność w żywieniu zwierząt powinna być sprawdzona w doświadczeniach wykonanych na tych gatunkach zwierząt, dla których białko to jest przeznaczone.
